A cada dois anos a ABTO realiza o Congresso Brasileiro de Transplantes de Órgãos, juntamente com o Congresso Luso Brasileiro de Transplantes, o Encontro Brasileiro de Enfermagem em Transplantes e o Fórum de Histocompatibilidade da Associação Brasileira de Histocompatibilidade.

Ao longo dos anos o Congresso da ABTO tem se consagrado como uma importante oportunidade de atualização científica para toda equipe que assiste ao paciente transplantado.